Будучи митрополитом Кирилл представлял РПЦ в комиссиях по выработке Закона РСФСР «О свободе вероисповеданий» 1990 года и Федерального закона РФ «О свободе совести и о религиозных объединениях» 1997 года, принимал участие в выработке церковной позиции и миротворческих акциях во время событий августа 1991 года и октября 1993 года, был одним из инициаторов создания Всемирного русского народного собора в 1993 году. 

Шестого декабря 2008 года на экстренном заседании Священного Синода Русской православной церкви в связи с кончиной 5 декабря патриарха Московского и всея Руси Алексия Второго митрополит Кирилл тайным голосованием избран местоблюстителем патриаршего престола. Двадцать седьмого января 2009 года Поместный Собор РПЦ избрал митрополита Кирилла 16-м патриархом Московским и всея Руси.