Слава о подвигах Преподобного Сергия стала известна в Константинополе, и Патриарх Филофей прислал Преподобному крест, параман и схиму, в благословение на новые подвиги, Благословенную грамоту, советовал избраннику Божию устроить общежительный монастырь. С патриаршим посланием Преподобный отправился к святителю Алексию и получил от него совет ввести строгое общежитие. Иноки стали роптать на строгость устава, и Преподобный вынужден был покинуть обитель. На реке Киржач он основал обитель в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Порядок в прежней обители стал быстро приходить в упадок, и оставшиеся иноки обратились к святителю Алексию, чтобы он возвратил святого.
Преподобный Сергий беспрекословно повиновался святителю, оставив игуменом Киржачского монастыря своего ученика, преподобного Романа.
Еще при жизни Преподобный Сергий удостоился благодатного дара чудотворений. Он воскресил отрока, когда отчаявшийся отец считал единственного сына навсегда потерянным. Слава о чудесах, совершенных Преподобным Сергием, стала быстро распространяться, и к нему начали приводить больных как из окрестных селений, так и из отдаленных мест. И никто не покидал Преподобного, не получив исцелений недугов и назидательных советов. Все прославляли Преподобного Сергия и благоговейно почитали наравне с древними святыми отцами. Но людская слава не прельщала великого подвижника, и он по-прежнему оставался образцом иноческого смирения.
Однажды святитель Стефан, епископ Пермский (память 27 апреля), глубоко почитавший Преподобного, направлялся из своей епархии в Москву. Дорога пролегала в восьми верстах от Сергиева монастыря. Предполагая посетить монастырь на обратном пути, святитель остановился и, прочитав молитву, поклонился Преподобному Сергию со словами: «Мир тебе, духовный брат». В это время Преподобный Сергий сидел вместе с братией за трапезой. В ответ на благословение святителя Преподобный Сергий встал, прочитал молитву и послал ответное благословение святителю. Некоторые из учеников, удивленные необычайным поступком Преподобного, поспешили к указанному месту и, догнав святителя, убедились в истинности видения.
Постепенно иноки становились свидетелями и других подобных явлений. Однажды во время литургии Преподобному сослужил Ангел Господень, но по смирению своему Преподобный Сергий запретил кому-либо рассказывать об этом до конца его жизни на земле.