В январе 1918 года в станице Усть-Лабинской начались революционные волнения, подогреваемые местными большевиками. Возник конфликт на почве идей большевизма между казаками-фронтовиками и представителями старого казачьего населения. Вооружённое противостояние между казаками и большевиками продолжалось весь февраль 1918 года и окончилось 22 февраля захватом станицы Усть-Лабинской и установлением советской власти. Начались скорые расправы с не угодными власти людьми, офицерами царской армии, казаками, служащими и священниками. Исполнить революционный суд над отцом Михаилом ни у кого из местных большевиков, лично знавших его, не поднялась рука. Его предупреждали об опасности, предлагали спастись бегством или спрятаться, но он мужественно отказался, оставшись дома, где и был арестован.

По свидетельству матушки Евдокии Лисицыной, «22-го февраля 1918-го года, в день вступления в нашу станицу большевистских войск, был арестован мой муж священник отец Михаил Лисицын… Я осталась нищей с двумя дочерями — ученицами. Работа грабителей была настолько аккуратна, что на другой день, выходя из дому, я вынуждена была прикрыться случайно уцелевшей ветхой рясою мужа, а платок дала мне соседка».

После освобождения станицы выяснилось, что «отец Михаил Лисицын был мучим в течение трех дней — с пятницы до воскресенья… Когда тело его было найдено, то на нем оказалось более 10 ран, голова была изрублена в куски».

Следователи Особой комиссии, занимавшейся расследованием злодеяний большевиков в 1919 году, среди прочего несколько шире дополнили описание последних дней жизни отца Михаила, установив, что «…с накинутой на шею петлею [он был долго водим] по станице, глумились и били [его] так, что под конец он сам, падая на колени, умолял мучителей скорее его прикончить. Убив его, красноармейцы запретили погребение, но жена убитого выкупила его тело для погребения за 600 рублей».