После выкупа растерзанного тела отца Михаила матушка Евдокия приготовила его к христианскому погребению, он был облачен в белые священнические одежды, положен в новый гроб и отнесен для отпевания в храм святителя Николая, где много лет проповедовал слово Божие. Сохранившаяся метрическая запись гласит: «Священник Николаевской Церкви станицы Усть-Лабинской Михаил Михайлов Лисицын, был казнен большевиками 26 февраля 1918 года в возрасте 56 лет. Погребение совершенно 28 февраля 1918 года священниками Алексеем Богдановым, Иоанном Сальским, диаконом Аркадием Кононовым, псаломщиками Иоанном Струковым и Стефаном Воликом. Погребен на общем кладбище».
На заседаниях Поместного собора Российской Церкви 20 сентября 1918 года был оглашен особый список лиц, пострадавших за веру и Церковь, в котором указывались кубанские священники. 13 (26) сентября делегат Ставропольско-Кубанского епархиального собрания священник Иоанн Гревцов направил в канцелярию Собора заявление об уточнении сведений о пострадавших. В этом заявлении отец Иоанн указывал на ошибочность представленных ранее данных о пострадавшем кубанском духовенстве и добавлял: «…утвердительно могу сообщить, что в нашей епархии погибли за веру и Церковь следующие священники: священник станицы Усть-Лабинской Михаил Лисицын расстрелян без мучений…». Он уточнял, что «все указанные лица казнены без суда случайными бандами».
Согласно воспоминаниям внучки отца Михаила, прихожане Свято-Никольского храма уговорили матушку Евдокию перезахоронить его поближе к храму, где он служил. «Бабушка не хотела, но ее уговорили. Она рассказывала мне, что через девять месяцев дедушка сохранился, будто его вчера похоронили…».
По свидетельству правнука отца Михаила Геннадия Лисицына, в 2003 году удалось установить потерянное место захоронения священномученика, расположенное у восточной стены бывшего летнего кинотеатра (на его месте находился Николаевский храм, разрушенный в 30-х годах XX века), на территории городского парка Усть-Лабинска. В память об этом на стене здания была помещена табличка, а в 2010 году на месте убийства отца Михаила благочестивые прихожане Сергиевского храма установили памятную доску.