В «Обращении Церкви Екатеринодарской к христианским Церквям всего мира», опубликованном 25 марта (07 апреля) 1919 года в газете «Вольная Кубань», о случившейся трагедии кратко сообщалось следующее: «в станице Георгие-Афипской священник отец Александр Флегинский был изрублен в куски». После освобождения Кубанской области от большевиков началось расследование обстоятельств гибели отца Александра Особой следственной комиссией по расследованию злодеяний большевиков, состоящей при главнокомандующем вооруженными силами на Юге России.

26 марта (08 апреля) 1919 года члены Особой комиссии произвели осмотр делопроизводственных документов Кубанского епархиального совета и выявили часть рапортов на имя епископа Кубанского Иоанна (Левицкого), в которых «об убийствах большевиками лиц духовного звания не содержится описания обстоятельств, при которых произошли эти убийства». В их числе был рапорт благочинного 17 округа от 17 декабря (30 декабря) 1918 года об убийстве священников станиц Ключевой Моисея Тырышкина и Георгие-Афипской Александра Флегинского. О времени смерти отца Александра позднее свидетельствовал инспектор Георгие-Афипского двухклассного начального смешанного училища А. Бельский, который указывал, что «законоучитель священник Александр Флегинский скончался в марте месяце 1918 года».

На основании собранных материалов члены Особой комиссии в одном из следственных документов об обстоятельствах смерти отца Александра в краткой форме писали: «Флегинский Александр, священник станицы Георгие-Афипской Кубанской Области. Избит с бесконечными глумлениями, выведен был за станицу и убит. Тело его было найдено много времени спустя».