Тело было найдено за пределами станицы спустя семь месяцев после убийства. Сын отца Александра Владимир, занимавший должность судебного следователя 2-го участка Сальского округа Новочеркасского окружного суда, смог вывезти останки в город Екатеринодар, где 18 сентября в Александро-Невском соборе при большом стечении народа и духовенства 17 благочиния Кубанской области, которое много лет возглавлял отец Александр, о чём было засвидетельствовано записью в метрической книге собора, состоялось отпевание. Похоронили отца Александра на городском Екатеринодарском (Всехсвятском) общем кладбище.
Весть о гибели кубанского благочинного широко распространилась в епархии, и, даже несмотря на отсутствие постоянного сообщения из-за продолжавшихся до августа вооружённых столкновений красноармейцев с частями Добровольческой армии, в 1918 году стала известна в городе Ставрополе.
После освобождения станицы Георгие-Афипской от большевиков Добровольческой армией в августе 1918 года, растерзанное тело отца Александра было обнаружено за пределами станицы спустя семь месяцев после убийства. Эти данные подтверждает следственная комиссия и метрическая запись об отпевании отца Александра в Александро-Невском войсковом соборе города Екатеринодара, где датой смерти является 24 марта (06 апреля), а датой отпевания и погребения 18 сентября (01 октября) 1918 года.
НАШИ ДНИ НАЧАЛА XXI ВЕКА
В настоящее время в Георгиевском храме посёлка Афипского Северского района (бывшей станицы Георгие-Афипской) чтится память о бывшем настоятеле этого храма священнике Александре Флегинском. В 2015 году могила отца Александра была обнаружена. К сожалению, надгробие на могиле было разрушено, сохранился лишь фундамент. Усердием прихожан и настоятеля Афипского Георгиевского храма оно было восстановлено в 2017 году.
На заседании Священного Синода 4 мая 2017 года имя священномученика Александра было включено в состав Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской с установлением особого дня памяти 6 апреля.
19 сентября 2017 года, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, на Всесвятском кладбище города Краснодара были обретены святые мощи священномученика Александра. Спустя два месяца, 18 ноября, за всенощным бдением в Екатерининском кафедральном соборе города Краснодара святые мощи были торжественно изнесены для почитания верующим.
По благословению почившего митрополита Исидора, мощи священномученика Александра постоянно почивают в Екатерининском кафедральном соборе города Краснодара, а частица передана в Георгиевский храм поселка Афипского Северского района, на территории которого служил и был казнен святой.
