Как только мощи святого Угодника Христова прибыли в Бар-град, стали происходить чудеса. Многочисленные недужные — хромые, слепые, глухие, бесноватые, — прикоснувшись к мощам, получали исцеление. Чудеса от мощей подвигли барян построить новую каменную церковь в честь Святителя Николая. Спустя два года, в 1089 году, храм был возведен. К этому же времени для мощей Святителя приготовили серебряную, с драгоценными камнями, раку.

Построив церковь, клир и жители города отправили в Рим к папе Урбану II просьбу, чтобы он со священным собором посетил Бар-град и освятил новый храм во имя Святителя Николая и своими священными руками положил в новую раку честные мощи Угодника Божия. Папа Урбан II с радостью согласился исполнить эту просьбу и 1 октября со всем священным собором прибыл в Бар-град. Здесь он переложил мощи в новую раку, перенес ее в храм Святителя Николая и поставил в алтарь. В новой церкви поставили и гроб, в котором ранее лежали мощи святого Угодника Божия и в котором была положена частица его мощей. Затем была освящена нижняя церковь, в которой и до сих пор находятся мощи Святителя Николая. (Верхнюю церковь епископ Вюрцбургский Конрад с разрешения папы Целестина III (1196-1198) освятил 22 июня 1197 года). 

Некоторое время спустя Святитель Николай явился во сне одному благочестивому монаху и сказал: «Благословением всесильного Бога я пришел к вам в город Бар; теперь я хочу, чтобы мощи мои были положены под Престолом». Воля святого Угодника Божия немедленно была исполнена, мощи его положены под Престол, где находятся и доныне.