В «Обращении Церкви Екатеринодарской к христианским Церквям всего мира», опубликованном 7 апреля 1919 года в газете «Вольная Кубань», о случившейся трагедии кратко сообщалось следующее: «в станице Георгие-Афипской священник отец Александр Флегинский был изрублен в куски». После освобождения Кубанской области от большевиков началось расследование обстоятельств гибели отца Александра Особой следственной комиссией по расследованию злодеяний большевиков, состоящей при главнокомандующем вооруженными силами на Юге России.

26 марта 1919 года члены Особой комиссии произвели осмотр делопроизводственных документов Кубанского епархиального совета и выявили часть рапортов на имя епископа Кубанского Иоанна (Левицкого), в которых «об убийствах большевиками лиц духовного звания не содержится описания обстоятельств, при которых произошли эти убийства». В их числе был рапорт благочинного 17 округа от 17 декабря 1918 года об убийстве священников станиц Ключевой Моисея Тырышкина и Георгие-Афипской Александра Флегинского. О времени смерти отца Александра позднее свидетельствовал инспектор Георгие-Афипского двухклассного начального смешанного училища А. Бельский, который указывал, что «законоучитель священник Александр Флегинский скончался в марте месяце 1918 года».