8 марта 1998 года, в Неделю Торжества Православия, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия, на Даниловском кладбище г. Москвы были обретены честные останки Блаженной Матроны. После заупокойной литии, совершенной в храме в честь сошествия Святого Духа, гроб с честными останками старицы Матроны был доставлен в Данилов монастырь и помещен в надвратном храме во имя преподобного Симеона Столпника. 30 апреля 1998 года было совершено перенесение честных останков в храм Святых отцов семи Вселенских Соборов, а 1 мая – в Свято-Покровский женский монастырь.
С этого момента началось паломничество в обитель тысяч верующих людей, чтущих святую память праведной старицы Матроны – Матронушки, как ласково называли ее в народе. Сюда приходили и приходят сотни писем с просьбой помолиться Блаженной, некоторые из них адресованы ей самой. Сестрами обители была заведена особая книга, куда тщательно заносились случаи чудесного заступления, оказанного верующим по молитвам блаженной Матроны. Его свидетельницами не раз становились насельницы Покровского монастыря, твердо верящие, что именно Блаженная Матронушка помогает им в восстановлении обители.
Синодальная комиссия по канонизации Святых, рассмотрев подвижническую жизнь и подвиг благочестия Матроны Дмитриевны Никоновой, не нашла препятствий к прославлению ее в лике местночтимых Святых. Прославление было торжественно совершено 2 мая 1999 года, в годовщину ее кончины.
Нескончаемой чередой идут верующие в Покровскую обитель поклониться Блаженной Матроне Московской, веря в силу ее благодатного заступничества, помня ее слова: «Все, все приходите ко мне и рассказывайте как живой о своих скорбях, я буду вас видеть и слышать и помогать вам». Непрестанно возносится у Святых мощей дивной старицы молитва: «Святая праведная старице Матроно, моли Бога о нас!».